Linh Phong Cổ Tự tọa lạc trên một ngọn núi có độ cao 26 mét so với mực nước biển, địa chỉ số 02 đường Hải Đức, phường Phương Sơn, thành phố Nha Trang tỉnh Khánh Hoà.
Chùa được mang rất nhiều tên gọi khác như: chùa Linh Phong, chùa Núi, chùa Trăm Bậc, chùa Trăm Cấp, chùa Quan Thánh, chùa Ông… vì xưa kia chùa do người Trung Hoa lưu lạc qua Việt Nam dựng lên để thờ Quan Thánh Đế Quân, tức Quan Vân Trường thời Tam Quốc. Đến triều Bảo Đại (1925-1945), khi cả nước dấy nên phong trào chấn hưng Phật giáo, tăng ni giáo đồ thuộc làng Phước Hải hưởng ứng, đồng lòng đổi chùa thờ Quan Thánh thành chùa thờ Phật.
Dựa theo những Hán tự khắc trên quả Đại Hồng Chung nay còn lưu giữ, hậu thế mới biết được chùa được xây dựng vào thời Hậu Lê. Trên chuông còn rõ đó ngày đúc chuông với dòng chữ “Tuế thứ Quý Dậu niên tứ nguyệt Cát nhật”, tính ra là năm Cảnh Hưng thứ 14 (1753), nên có thể đoán được chùa được cất cùng lúc, hoặc trước lúc đúc chuông vài năm.
Nhưng trên chuông còn khắc ba chữ “Bửu Phong Tự”, và tên đó mới là tên đích thực của chùa. Do trước đó tấm biển tên “Bửu Phong Tự” bị hư hỏng, sư sãi chưa có dịp làm lại biển mới khác, rồi đất nước loạn lạc chia ly, Phật giáo gặp pháp nạn, chùa trở nên hoang phế, nên không ai nhắc đến tên Bửu Phong Tự nữa, mà chỉ quen miệng gọi là chùa Quan Thánh…
Trong thời gian đó, tấm biển “Linh Phong Cổ Tự” là của một ngôi chùa khác ở dưới đồng bằng, địa phận làng Xuân Phong gần đó, đã bị cháy rụi, sau phải dời đi qua làng Xuân Lạc về sau trở thành chùa Sắc Tứ Liên Hoa, người dân mang tấm biển cất giữ, sau mới đem lên đặt trong khuôn viên chùa Bửu Phong đang không ai trông coi hương khói. Sau, một vị sư ở Huế vào tạm an trú ở chùa, thấy chùa chưa có biển tên, lại thấy tấm biển “Linh Phong Cổ Tự” nằm trong sân chùa dưới bao lớp bụi trần và rong rêu, bèn cho tân trang và dựng lên. Vậy là chùa Bửu Phong xưa kia được mang tên mới cho đến tận hôm nay.
Trong bối cảnh đất nước chiến tranh, loạn lạc, ngôi chùa trên núi lại có thời gian hoang tàn, tăm tối do không có trụ trì, vắng bóng giám tự…
Năm 1971, Hòa thượng Thích Hải Tuệ, húy thượng Trừng hạ Sang, bấy giờ đang là Thượng tọa Giám sự Phật Học Viện Hải Đức, Giám viện Phật học viện Sơ đẳng Linh Sơn (chùa Linh Sơn Pháp Bảo, thôn Phú Nông, xã Vĩnh Ngọc), trụ trì chùa Diên Thọ (Trụ sở Giáo hội Phật giáo Huyện Diên Khánh), lại được Giáo Hội giao trọng trách kiêm trụ trì Linh Phong Cổ Tự, nên đã mời Thượng tọa Thích Trừng Dũng, pháp hiệu Chí Viên, đang tu bên chùa Hải Đức, sang làm trụ trì ngôi chùa cổ trên núi này…
Qua hơn 50 năm gắn bó với chùa, Hòa thượng Thích Chí Viên thực hiện xong một cuộc đại trùng tu lặng lẽ, mang lại một diện mạo và cảnh sắc hoàn toàn mới mẻ và uy nghiêm cho chùa.
Có hai lối tầng cấp bằng đá dẫn lên chùa. Lối chính của chùa xưa còn lưu lại, thế dựng đứng, đúng 100 bậc cấp cao, khi bước dễ mau mỏi chân. Lối phụ được mở sau này, đi vòng phía bên phải, bậc cấp thấp nối nhau nương thế lài lài của triền núi, tuy nhiều bậc hơn nhưng dễ lên núi hơn.
Cổng Tam Quancó tôn tượng Phật Di Lặc tự tại ngồi trên tòa sen, với nụ cười hoan hỷ, chiều cao xấp xỉ 3 mét tính luôn cả bệ hoa sen, bề ngang 2 mét. Ở bốn góc phía trên bên trong của cổng giữa mà tượng đức Di Lặc an vị, có tượng của Tứ Đại Thiên Vương cưỡi mây xanh, tay mang pháp khí, nhạc khí, trấn giữ bốn phương trời cùng nghinh hầu vị Phật của tương lai.
Vườn Lộc Uyển với cảnh sắc hòa nhập vào thiên nhiên. Nơi khoảng đất trống hiện lên 6 pho tượng đều trắng toát: tượng đức Thế Tôn có kích cỡ lớn hơn ngồi giữa trên một phiến đá; năm tượng còn lại đều có kích thước bằng người thật, cùng đang ở tư thế quỳ gối trên đá, chắp tay cung kính. Hình ảnh đức Phật Thích Ca Mâu Ni đang thuyết giảng bài pháp đầu tiên về Tứ Diệu Đế cho nhóm ông Kiều Trần Như 5 người tại Vườn Nai được tái hiện trông thật sinh động.
Chánh điện được xây mới gấp đôi chùa cũ nằm trên một nền cao, chiều ngang 24 mét, chiều sâu 17 mét (chùa cũ là 10 mét x 9 mét), trên có mái lợp ngói Phú Phong theo khuôn mẫu đặt riêng của chùa. Riêng ngói lợp mặt trước do chính tay Thầy trụ trì tạo khuôn mẫu, rồi cùng với chúng đệ tử đúc lấy để tạo nét độc đáo cho chùa.
Trên nóc có rồng đội pháp luân ở giữa, rồng lượn trên các góc mái rất sống động. Các trụ lớn phía trước thềm hiên đều được chạm nổi rồng quyện mây. Hai bên đầu hồi có hai con cá chép cỡ lớn lộ một nửa thân mình ra khỏi bức tường, biết phun nước khi trời có mưa, đó là sự sáng tạo tài hoa của vị trụ trì chùa, đã đem nghệ thuật áp dụng vào kiến trúc, dùng hình ảnh của cá chép để che giấu đi được hai lỗ thoát nước của bốn máng thoát nước trên mái chánh điện! Đặc biệt là tất cả những cột kèo bên trong đều nối với nhau bằng con mộng, không sử dụng một thứ kim loại sắt thép nào. Trên tất cả các vật liệu gỗ từ cột kèo đến những cánh cửa đều được trang trí bằng chạm đục rất tỉ mỉ, trau chuốt công phu với những họa tiết hoa văn, linh vật, linh thú rất độc đáo do chính sư trụ trì thiết kế mẫu, phải nói là nghệ thuật điêu khắc hiếm hoi.
Trên điện thờ những tôn tượng Phật Thích Ca, Bồ tát Phổ Hiền, Bồ tát Đại Thế Chí, Thập Bát La Hán hoàn toàn đều bằng gỗ, riêng tôn tượng Thích Ca nhỏ quét nhũ đồng là tượng của ngôi chùa cũ lưu lại được đặt trên một bục cao hơn. Giữa chánh điện là tượng Thiên Thủ Thiên Nhãn Quan Âm ngồi tòa sen. Hai bên góc cửa vào chánh điện có
hai tượng hộ pháp “Khuyến Thiện- Trừng Ác” to lớn gấp hai người thường, trấn giữ chốn trang nghiêm thật là oai phong.
